キャンペーン

チェックシックス2のキャンペーンは太平洋戦争、ベトナム戦争、中東戦争、湾岸戦争の4つのシアターを選択可能です。
各シアターは4ミッションからなり、4シアターの全ミッションをクリアすると、新たにシアターとして、ゲートウォーが選択可能になります。
ラストにボスキャラとして、スタートレックのUSSエンタープライズ号もどきの空中兵器が登場します。やたら堅いので撃墜するのに苦労します。

太平洋戦争

MISSION 1:真珠湾攻撃

MISSION 2:ミッドウェー海戦

MISSION 3:南海の死闘

MISSION 4:帝都燃ゆ

ベトナム戦争

MISSION 1:ローリングサンダー

MISSION 2:ポール・ドーマー

MISSION 3:ラインバッカー -再燃-

MISSION 4:ラインバッカーII -停戦-

中東戦争

MISSION 1:六日間戦争

MISSION 2:ヨム・キプル戦争

MISSION 3:灼熱の高原

MISSION 4:船団護衛任務

湾岸戦争

MISSION 1:デザートストーム作戦

MISSION 2:ピンポイント爆撃

MISSION 3:ブラッディ・オーシャン

MISSION 4:スカッド破壊指令